Claude’un yardımıyla bakteri ve fajlarda ilk vault parçacığının yapısı çözüldü
Anthropic’in biyoloji ekibi 15 milyar proteini tarayıp dört yapıyı kriyo-EM ile doğruladı. Ön baskı bioRxiv’de ve hakem değerlendirmesinden geçmedi.
Kaynaklar: Anthropic, bioRxiv
Bu haberde
Anthropic’in biyoloji araştırma ekibi 4 Kasım’da, prokaryot hücrelerde bulunan bir vault parçacığının ilk üç boyutlu yapısını çıkardığını duyurdu. Vault’lar hücrelerde bulunan büyük, içi boş protein kabukları. 1986’da Leonard Rome ve Nancy Kedersha tarafından keşfedildiler ve işlevleri hâlâ bilinmiyor; memeli hücrelerinde kabuk 78 kopya ana vault proteininden oluşuyor ve ribozomun yaklaşık üç katı kütlede. Çalışmanın ön baskısı aynı gün bioRxiv’de yayımlandı ve hakem değerlendirmesinden geçmedi.
Şirketin anlatımına göre ekip, Claude Science ile yaklaşık 15 milyar tahmini protein arasında arama yaptı ve vault akrabalarını 29 bakteri ile 4 arke filumunda buldu; bunlar genomu dizilenmiş türlerin %1’inden azında bulunuyor. Seçilen 44 protein hücresiz bir sistemde test edildi, E. coli’ye taşınan 24 proteinin 15’i çözünür protein verdi, bunların 7’si elektron mikroskobunda vault benzeri parçacık oluşturdu ve kriyo-elektron mikroskobu dördünü doğruladı. Ayrıntılı yapısı çıkarılan L05 vault’u bir bakteriyofajdan geliyor: tek bir proteinin 96 kopyası, yaklaşık 9,5 megadalton kütle, yaklaşık 54 nanometre uzunluk ve 45 nanometre genişlik. Memelideki kabuktan kısa, ama daha küresel olduğu için yaklaşık %25 daha fazla hacim kaplıyor.
Anthropic’e göre geleneksel yöntemde yaklaşık üç gün süren saflaştırma, Claude’un önerdiği boyut dışlama kromatografisiyle yaklaşık 90 dakikaya indi; ilk tam yapı modeli 34 saatte çıktı ve bütün proje dört aydan kısa sürdü. Şirket hataları da yazıyor: Claude’un hazırladığı bir protokolde DNA aktarımını bozan bir besiyeri katkısı önerilmesi projeyi iki hafta geriletti ve kriyo-EM işlemenin başında atlanan standart bir adım, ayna görüntüsüyle karışmış hatalı bir harita üretti. Vault’ların işlevi çözülmedi; çözülen, prokaryot vault’unun yapısı. Projeye ücretli danışman olarak katılan Rome, vault’ların işlevini bulmanın hâlâ son derece zor olduğunu söyledi.
Anthropic@AnthropicAIBiyoloji araştırma ekibimizin, bakteriyel yaşamdaki bir vault parçacığının ilk 3B yapısını çıkarmak için Claude ile nasıl çalıştığını paylaşıyoruz.
Vault parçacıkları uzun süredir bir gizem. Hücrelerimizde bulunan en büyük protein yapıları arasında yer alan, fıçı biçimli nesneler. İlk kez 1986'da Leonard Rome ve Nancy Kedersha tarafından keşfedildiler, ama işlevleri hâlâ bilinmiyor.
Claude ile, bizi o gizemi çözmeye yaklaştırabilecek sonuçlar bulduk.
Şimdiye kadar vault'lar yalnızca hayvanlar ve bitkiler gibi karmaşık canlıların hücrelerinde biliniyordu. Bakterilerden (ve onları enfekte eden virüslerden) gelen benzer proteinlerin de vault oluşturabildiğini gösterdik. Yapıları yaşamın bu daha basit biçimlerinde bulmak, işlevlerini kendi hücrelerimizde araştırmayı kolaylaştırabilir.
Yaşam bilimleri ekibimiz için bu proje aynı zamanda, bilimi hızlandırmak için yapay zeka kullanmanın gücünü (ve sınırlarını) gösteren bir örnekti.
Tam yazımızda Claude'un bazı aşamaları nasıl çarpıcı biçimde hızlandırdığını anlatıyoruz: vault parçacığının yapısını elle belirlemek haftalar ya da aylar süren zahmetli bir iş olurdu, burada günler sürdü. Claude'un bu yolda yaptığı bazı basit hataları ve bunları gidermek için makine öğrenimi araştırmacılarımızla nasıl birlikte çalıştığımızı da anlatıyoruz.
Devamı: https://www.anthropic.com/research/investigating-vault-particles-with-claudeWe’re sharing how our biology research team worked with Claude to map the first 3D structure of a vault particle from bacterial life.
Vault particles are a longstanding mystery. They are barrel-shaped objects, among the largest protein structures found in our cells. They were first discovered by Leonard Rome and Nancy Kedersha in 1986, but their function remains unknown.
With Claude, we’ve found results that might bring us closer to solving that mystery.
Until now, vaults were only known in the cells of complex things like animals and plants. We have shown that similar proteins from bacteria (and the viruses that infect them) can also assemble into vaults. Finding the structures in these simpler forms of life may make it easier to investigate their function in our own cells.
For our life sciences team, the project was also a demonstration of the potential (and the limitations) of using AI to accelerate science.
In our full piece, we discuss how Claude was able to dramatically speed up some stages—manually determining the vault particle’s structure would have taken weeks to months of painstaking work, but here it took days. We also discuss how Claude made some simple mistakes along the way, and how we collaborated with our machine learning researchers to address them.
Read more: anthropic.com/research/investigating-vault-particles-with-claude
İngilizceden çevrildi
Kaynaklar
3 kaynak
- “Investigating vault particles with Claude”Resmî araştırma yazısı: 15 milyar proteinlik tarama, 44 aday, 15 proteinin 7’sinin parçacık oluşturması, kriyo-EM ile dört doğrulama, L05 vault’unun ölçüleri, 90 dakikalık saflaştırma, Claude’un hataları ve Leonard Rome’un sözleri. · anthropic.com
- “Prokaryotic homologs of the major vault protein form engineerable vault nanocapsules”Ön baskı: Januka S. Athukoralage, Peter H. Yoon, Amir Shanehsazzadeh, Eric Kauderer-Abrams, Nicholas Perry ve Matthew G. Durrant imzalı; hakem değerlendirmesinden geçmedi. · biorxiv.org
Bu haber hakkında
- Hazırlayan
- Yiğit Kasap · JARRUS
- Haber tarihi
- Sitede
- 7 Kasım 2026’dan beri
- Kısa link
thejarrus.com/vault-parcacigi-yapisi- Hata bildir
- Bu haberde bir hata mı var? [email protected] · Instagram